私は普段動画制作でPremiere PRO CS3を使用しているので、After Effectは触った程度ですが
PremiereとAfter Effectの違いを自分なりにまとめてみました。
After Effectは無から有を作成するアプリケーション。
1つの画像や動画を色んないじり方をして動画を作成していく。
簡単に言えば、0を1にする感じ。でも1から2に上げるのにかなりの時間がかかる。
利点は、色んなプラグインやエフェクトがあるので見てて面白い動画が作成できる。
欠点は、書き出しがすんごく遅い。色んなエフェクトをかけると特に。
Premiereは有をより良いものに変えれるアプリケーション。
複数の動画をつなげたり、簡単なエフェクトで動画を作成できます。
先ほどの例えで言うなら、1を2にするのに長けてます。
利点は、操作性はAfter Effect以上、書き出しに時間がかからない（エフェクトほとんどないからね）。
欠点は、エフェクトが少ないこと、基本的なエフェクトしかありません（モザイクとかね）。
でも最近触っていて思うのはPremiereでも十分面白い動画が作成できる、ということ。
だから私はPremiereを好んで使用します。
用は、『動画は構成』ということですかね。